Qu’est-ce qu’un fichier PDB ?
ce qu’il faut savoir
- Certains fichiers PDB sont des fichiers de base de données de programmes.
- Ouvrez-en un avec un éditeur de texte ou un programme comme Geneious.
- Convertir dans un autre format en utilisant le même programme qui ouvre le fichier de base de données spécifique.
Cet article explique ce qu’est un fichier PDB, comment l’ouvrir et comment le convertir dans d’autres formats.
Qu’est-ce qu’un fichier PDB ?
Un fichier avec l’extension de fichier PDB est très probablement un fichier de base de données de programme contenant des informations de débogage sur un programme ou un module, tel qu’un fichier DLL ou EXE. Ils sont parfois appelés fichiers de symboles.
Ce fichier mappe les différents composants et instructions du code source à son produit compilé final, qui peut ensuite être utilisé par les débogueurs pour trouver des emplacements dans les fichiers source et exécutables où le processus de débogage doit s’arrêter.
Certains fichiers PDB peuvent à la place être au format de fichier Protein Data Bank. Ce sont des fichiers de texte brut qui stockent des coordonnées sur les structures protéiques.
D’autres fichiers PDB peuvent être créés au format de fichier Palm Database ou PalmDOC et utilisés avec le système d’exploitation mobile PalmOS ; certains fichiers dans ce format utilisent l’extension de fichier .PRC. Un autre format qui utilise la même extension est Tanida Demo Builder.
Comment ouvrir les fichiers PDB
Différents programmes utilisent leurs propres fichiers PDB pour stocker des données dans un format de base de données structuré, de sorte que chaque application ouvre son propre type.
Geneious, Quicken, Visual Studio et Pegasus ne sont que quelques exemples de programmes susceptibles d’utiliser ce fichier comme fichier de base de données. Radare et PDBparse peuvent également fonctionner.
Certains fichiers PDB sont stockés en texte brut, comme le fichier de base de données de débogage du programme de Geneious, qui est entièrement lisible s’il est ouvert dans un éditeur de texte. Vous pouvez ouvrir ces fichiers PDB avec n’importe quel programme capable de lire des documents texte, tel que le programme Bloc-notes intégré à Windows. Certains autres visualiseurs et éditeurs compatibles incluent Notepad ++ et Brackets.
Les autres fichiers PDB ne sont pas des documents texte et ne sont utiles que lorsqu’ils sont ouverts avec leur programme prévu. Par exemple, si votre logiciel est lié à Quicken d’une manière ou d’une autre, essayez d’utiliser ce logiciel pour l’afficher ou le modifier. Visual Studio s’attend à voir le fichier PDB dans le même dossier que le fichier DLL ou EXE.
Vous pouvez utiliser Avogadro pour afficher et modifier les fichiers de base de données de protéines sous Windows, Linux et macOS. Ces programmes peuvent également ouvrir des fichiers : Jmol, RasMol, QuickPDB et USCF Chimera. Comme il s’agit de texte brut, vous pouvez également en ouvrir un dans un éditeur de texte.
Si le fichier est au format de fichier Palm Database, Palm Desktop devrait pouvoir ouvrir le fichier, mais vous devrez peut-être d’abord le renommer pour que l’extension de fichier PRC soit reconnue par le programme. Le calibre est une autre option.
Pour ouvrir les fichiers PalmDOC PDB, essayez le visualiseur STDU.
Tanida Demo Builder ouvre les fichiers dans ce format.
Comment convertir des fichiers PDB
Les fichiers de base de données du programme ne peuvent probablement pas être convertis dans un format de fichier différent, du moins sans utiliser les outils de conversion de fichiers habituels. Inversement, s’il y avait une application capable de convertir ce type de fichier, ce serait le même programme qui pourrait l’ouvrir.
Par exemple, si vous devez convertir un fichier de base de données à partir de Quicken, essayez d’utiliser ce programme pour le faire. Cependant, ce type de conversion peut non seulement être moins utile, mais également non pris en charge dans ces applications de base de données (c’est-à-dire que vous n’aurez peut-être pas besoin de convertir ce fichier PDB dans un autre format).
Les fichiers de base de données de protéines peuvent être convertis en d’autres formats à l’aide de MeshLab. Pour cela, vous devrez peut-être d’abord le convertir en WRL en utilisant PyMOL document > Enregistrer l’image sous > langage de réalité virtuelle menu, puis importez le fichier WRL dans MeshLab et utilisez document > Exporter le maillage en tant que Le menu convertit éventuellement le fichier PDB en STL ou en d’autres formats de fichier.
Si vous n’avez pas besoin que le modèle soit en couleur, vous pouvez utiliser USCF Chimera pour exporter le fichier directement vers STL (lien de téléchargement ci-dessus). Sinon, vous pouvez utiliser la même méthode que ci-dessus (en utilisant MeshLab) pour convertir le PDB en WRL en utilisant USCF Chimera, puis exporter le WRL en STL en utilisant MeshLab.
Pour convertir PDB en PDF ou EPUB, si vous avez un fichier PalmDOC, il existe plusieurs façons de le faire, mais la plus simple est probablement d’utiliser un convertisseur en ligne comme Zamzar. Vous pouvez télécharger des fichiers sur le site pour choisir de les convertir dans ces formats, ainsi qu’en AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT et d’autres formats de fichiers eBook.
L’un peut être converti au format FASTA à l’aide du convertisseur PDB en FASTA en ligne de Meiiler Lab.
Ce fichier peut également être enregistré en ligne au format CIF (Crystal Information Format) à l’aide de PDBx/mmCIF.
Vous ne pouvez toujours pas ouvrir ?
Un fichier qui n’est pas ouvert avec l’un des outils ci-dessus peut ne pas être un fichier PDB. Ce qui peut arriver, c’est que vous avez mal lu l’extension de fichier ; certains formats utilisent des suffixes très similaires à PDB, mais ils ne sont en fait pas liés et fonctionnent différemment.
Par exemple, un fichier PDF est un fichier de document, mais si vous essayez d’en ouvrir un avec ces logiciels, la plupart des programmes ci-dessus ne restitueront pas correctement le texte et/ou les images. Il en va de même pour les autres fichiers avec des extensions de fichier orthographiées de la même manière, tels que les fichiers DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO et WPD.
PBD est un autre programme qui appartient au programme EaseUS Todo Backup, il n’est donc utile que lorsqu’il est ouvert avec ce logiciel.
Si vous n’avez pas de fichier PDB, recherchez l’extension de fichier du fichier pour trouver le programme approprié pour l’ouvrir ou le convertir.
Lecture avancée des fichiers PDB
Vous pouvez en savoir plus sur les fichiers de base de données de programme de GitHub et Wintellect.
Il y a plus à savoir sur les fichiers de la banque de données sur les protéines ; voir Global Protein Data Bank et RCSB PDB.
Questions fréquemment posées
- Comment puis-je dépanner lorsque Visual Studio ne peut pas trouver ou ouvrir un fichier PDB ? Si vous voyez un message indiquant que Visual Studio ne peut pas trouver ou ouvrir le fichier PDB, essayez d’utiliser les outils de débogage de Visual Studio.va outil > Choix > débogage > symbole et sélectionnez Serveur de symboles Microsoft.
- Comment ouvrir les fichiers PDB sur Android ? Pour ouvrir les fichiers PDB sur Android, utilisez un lecteur de fichiers tiers. Téléchargez l’application Cool Reader ou tout autre lecteur compatible avec les fichiers PDB sur Google Play.
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